Aprovada pelo Papa Paulo III em 1540, a Companhia de Jesus era formada por poucos, mas ardorosos membros preocupados em revigorar a fé católica, abalada pela Reforma. Os primeiros jesuítas chegaram ao Brasil em 1549, junto com Tomé de Sousa, liderados pelo padre Manoel da Nóbrega.

Eram pobres e não recebiam nada da Companhia. Comiam com os criados do governador, e, do rei D. João III, contavam mensalmente com um cruzado em ferro para sua manutenção. Essa mesma quantia era aplicada no ensino dos meninos indígenas.

Em 1552, por exemplo, padre Manoel da Nóbrega ainda usava a mesma roupa que trouxera do reino, como registram as “Cartas Jesuíticas”, Vol. 1º.

Mal abrigados, mal alimentados, sem higiene, andando por matas cujos rios, nas inundações periódicas, produziam mosquitos nocivos, os jesuítas estavam sempre a mercê” de várias doenças e perigos. O próprio Nóbrega andava sempre com as pernas inflamadas.

Alguns jesuítas mais fanáticos viam no martírio a glorificação de Deus, expondo-se constantemente a morte, caso do padre Leonardo Nunes, o primeiro a chegar em São Vicente.

É certo que o trabalho missionário produziu bons frutos na Ilha de São Vicente e também em Piratininga, principalmente porque os religiosos corriam as aldeias fazendo brindes às mulheres, acariciando as crianças e socorrendo os enfermos. Mas a interferência dos missionários em relação ao trabalho escravo dos índios começou a criar problemas.

Cada vez mais os colonos tratavam os índios com exagerada brutalidade, contrariando a bula do Papa Paulo III, de 1536, segundo a qual era vontade do Espírito Santo que se reconhecesse os índios americanos como verdadeiros homens.

A situação se agravou quando os padres procuraram influir nas autoridades locais. Além disso, receberam, através de doações, grandes propriedades, e, desafiando os colonos, decidiram passar a administração das terras para os índios. Em certo tempo, oficiais da Câmara chegaram até a expulsar os missionários da capitania.

Vale ressaltar que os reis portugueses sempre se mantiveram fora deste conflito, pois, mesmo precisando dos jesuítas para castigar as heresias e levar os índios à fé católica, também precisavam dos colonos.